بررسی بر هم کنش های بین مولکولی و پیوند هیدروژنی در جفت باز آدنین – تیمین

پیوندهای هیدروژنی بین مولکولی در جفت بازهای اسید نوکلئیک یک نقش کلیدی در اختصاصی کردن ساختار آن ها بازی می کند. ساختار جفت باز a – t و ساختارهای مختلف پیش بینی شده مربوط به این جفت باز با استفاده از محاسبات ab- initio در سطح محاسباتی g** 31-6 hf/و در یک سری از سطوح نظریه تـابعی چگالی ، b3lyp/6-31g** و b3lyp/6-311++g**بهینه شد. پـارامترهای ساختـمانـی و انرژی های بهینه شده به دست آمد و بر روی پایداری ساختارهای مختلف جفت باز بحث گردید.پایدارترین ساختار، در میان ساختارهای مختلف، ساختار (i)at بود. علاوه بر این قدرت پیوند هیدروژنی n – h …n و o – h…n در ساختارهای مختلف جفت باز a – t با یکدیگر مقایسه شد. از طرف دیگر در مورد تأثیر مجموعه پایه بر روی انرژی بر هم کنش جفت باز a – t با استفاده از سطوح محاسباتی مختلف بحث گردید. نتایج محاسبات نشان داد که سطح محاسباتیb3lyp/6-31g** بیشترین برهم کنش با انرژی حدود 384/17- kcal/mol را دارا می باشد. توابع پتانسیل جفت باز a – t بر اثر انتقال یک پروتون و همچنین انتقال همزمان دو پروتون ، که شامل انتقال پروتون نیتروژن گروه آمین مولکول آدنین به نیتروژن گروه کربونیل مولکول تیمین و همچنین انتقال پروتون از نیتروژن تیمین به نیتروژن آدنین است، در سطح محاسباتی g** 31-6/b3lyp به دست آمد و نمودارهای surface و contoure مربوط به انتقالات پروتون ذکر شده رسم گردید